La connaissance scientifique du vivant exige-t-elle que l'on considère l'organisme comme une machine ?

i) Présentation du paradoxe et definitions : La connaissance scientifique du vivant exige que l'on examine si l'organisme peut être considéré comme une machine ou non. Si on suppose qu'effectivement, l'organisme peut être considéré comme une machine, cela implique que le fonctionnement de l'organisme est basé sur des mécanismes physiques et chimiques, obéissant à des lois fondamentales. Au contraire, si on nie qu'effectivement l'organisme est une machine, cela signifie que son fonctionnement est beaucoup plus complexe et imprévisible, impliquant des facteurs biologiques et phénomènes émergents qui ne peuvent être réduits à des processus strictement mécaniques.
ii) Énonciation des alternatives et problematisation : Il semble à première vue que la connaissance scientifique du vivant exige effectivement de considérer l'organisme comme une machine, car cela permet d'étudier et de comprendre les processus biologiques à travers une approche analytique et réductionniste. Ainsi, la biologie moléculaire et la biochimie ont réussi à élucider de nombreux mécanismes cellulaires en considérant l'organisme comme une machine.
Cependant, il semble pourtant que l'expérience montre bien souvent que l'organisme n'est pas uniquement une machine. Paradoxalement, malgré une compréhension de plus en plus fine des mécanismes moléculaires, on observe des phénomènes biologiques complexes qui ne peuvent être entièrement expliqués par une approche mécaniste. Par exemple, la plasticité cérébrale ou l'émergence de comportements collectifs chez les organismes sociaux défient la vision de l'organisme comme une simple machine.
iii) Problématique : On pourra alors se demander : Est-ce que la connaissance scientifique du vivant exige réellement que l'on considère l'organisme comme une machine ? Ou bien, est-ce que cette conception réductionniste limite notre compréhension de la complexité biologique ?
iv) Annonce du plan : Dans un premier temps, nous analyserons comment la conception de l'organisme en tant que machine a permis des avancées significatives dans la connaissance scientifique du vivant, à travers des études sur les mécanismes moléculaires. Ensuite, nous examinerons les limites de cette vision mécaniste et mettrons en évidence des exemples concrets où l'organisme ne peut être réduit à une simple machine. Enfin, nous nous interrogerons sur les nouvelles perspectives de recherche qui émergent de cette remise en question de la conception de l'organisme comme une machine.